لا تتناول هذه «الخاطرات» موضوعًا واحدًا ينتظم مسائل وقضايا يُفضي بعضُها إلى بعض، ولكنها فصولٌ متفرقة تتناول أشتاتًا من الموضوعات في الدين والتاريخ والسياسة والأخلاق والفلسفة والكلام والتربية. فترى السيِّد ينتقل فيها من الحديث عن خلاف أهل الأديان، إلى الحديث عن الأحزاب والسياسة في الشرق، ومن فضيلة الصبر والثبات إلى تنازع الفناء وتوحش الإنسان، ومن تعاليم القرآن وأصول الحكومة الشورية إلى مذهب النشوء والارتقاء، ومن السنة والشيعة إلى الاشتراكية والعدالة والاجتماعية. وذلك كله في أسلوب يفيض صدقًا، وبيان يتجسَّد فيه الإخلاص والتجرُّد.
وكان المخزومي باشا قد صرف عنايتَهُ إلى تدوين أحاديث السيد جمال الدين، وتقييد ما يتكلم فيه من موضوعات، وما يطرحه من آراء ونظرات؛ تقييدًا أمينًا يلتزم فيه نصَّ عبارة السيد بغير زيادة أو نقصان. فاجتمعت لديه، على مدار خمس سنوات (1892-1897م)، لازم فيها السيد؛ المادة التي تؤلِّف هذا الكتاب، الذي شرع في تحريره في حياة السيد، وسمَّاه: «جمال الدين الأفغاني في البلاط السلطاني»، غير أن السيد نفر من هذا العنوان غاية النفور؛ قائلًا: «إن هذا العنوان ليس بهذا المقال بطبيق؛ قل: خاطرات، ولا تزد».
وقد فرغ المخزومي من تحرير هذا الكتاب في إسطنبول زمان السلطان عبد الحميد، إلا أن طباعته قد تأخرت نحو ثلاثة عقود، احترازًا وخوفًا؛ حتى صدر للمرة الأولى في بيروت سنة 1349هـ ق/ 1931م.
الافغاني